Giải trình tự hệ gen chloroplast của sầu riêng Durio zibethinus L. giống Ri6, Việt Nam

 Giải trình tự hệ gen chloroplast của sầu riêng Durio zibethinus L. giống Ri6, Việt Nam

Nguồn: Tran Gia Huy, Nguyen Pham Anh Thi, Hoang Dang Khoa Do, Do Tan Khang. 2024. The complete chloroplast genome of Durio zibethinus L. cultivar Ri6 (Helicteroideae, Malvaceae). Mitochondrial DNA B Resour; 2024 May 8; 9(5):625-630. doi:10.1080/23802359.2024.2350619. 

 

Sầu riêng thuộc họ Malvaceae, là loài cây trồng nổi danh nhờ trái ngon, mùi thơm mạnh mẽ và giàu dưỡng chất. Kết quả nghiên cứu cho thấy người ta tiến hành giải trình tự và định đính “chloroplast genome” của sầu riêng Durio zibethinus L. 1774, giống Ri6, giống phổ biến của Việt Nam, thông qua kết quả Illumina Hiseq platform. Hệ gen lục lạp có dạng vòng tròn khép kín bao gồm bản sao chép lớn, độc bản 96.115 bp, và bản sao chép nhỏ, độc bản, 20.819 bp, cộng với hai vùng lặp lại đảo ngược, 24.185 bp. Hệ genome này có 79 gen mã hóa protein, 30 gen là “transfer RNA”, và 4 gen “ribosomal RNA”. Tổng số cặp base GC của genome chiếm 35.7%. Phân tích di truyền huyết thống suy ra từ  78 vùng mã hóa protein cho thấy tính chất “monophyly” (đơn gia hệ) của loài thuộc chi Durio và sự tương quan gần giữa D. zibethinus giống Ri6 và giống Mongthong. Kết quả nghiên cứu cung cấp thông tin cần thiết phục vụ thâm cứu sau này về di truyền quần thể, cải tiến giống, và xác định loài trong Durio taxa và giữa các giống sầu riêng.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38737395/

 

Hệ genome lục lạp của giống sầu riêng Ri6 (D. zibethinus). Mũi tên chỉ hướng phiên mã của những gen có bên trong vòng tròn được phiên mã theo chiều kim đồng hồ, và những gen bên ngoài vòng tròn được phiên mã theo ngược chiều kim đồng hồ. Vòng tròn bên trong tương ứng với LSC (large single copy: sao chép lớn độc bản), SSC (small single copy: sao chép nhỏ độc bản), IRA/IRB (inverted repeat: vùng mang đoạn phân tử lập lại). Các nhóm có chức năng khác nhau được đánh dấu bằng màu khác nhau, ghi chú ở góc trái