Cơ sở dữ liệu metagenomics của “16S rRNA” đối với cộng đồng vi khuẩn nội sinh cây điều (Anacardium occidentale L.) ở Dak Lak, Vietnam
Cơ sở dữ liệu metagenomics của “16S rRNA” đối với cộng đồng vi khuẩn nội sinh cây điều (Anacardium occidentale L.) ở Dak Lak, Vietnam
Nguồn: Dinh Minh Tran, Thi Huyen Nguyen. 2024. 16S rRNA metagenomic dataset on endophytic bacterial community of the cashew plant (Anacardium occidentale L.) grown in Dak Lak Province of Vietnam. Data Brief ; 2024 Jan 9: 52:110039. doi: 10.1016/j.dib.2024.110039.
.png "Tuần tin khoa học 899 (08-14/07/2024)")
Hiện nay, Việt Nam là một trong những nước sản xuất điều và xuất khẩu điếu lớn nhất thế giới. Cây điều (Anacardium occidentale L.) là một trong những cây công nghiệp chủ lực của tỉnh Dak Lak, Vietnam. Hiểu được vi khuẩn nội sinh (endophytic bacteria) của cây điều, người ta có thể thành công trong sản xuất ra phân sinh học mới nhằm ổn định sản lượng hạt điều. Trong báo cáo này, người ta thu thập mẫu rễ điều trên đồng ruộng trong năm 2021 tại Dak Lak.
Sử dụng DNeasy Powersoil kit để tách chiết DNA của vi khuẩn nội sinh từ mẫu rễ điều. Gen 16S rRNA (V1-V9 regions) được khuếch đại bằng PCR, và thư viện của amplicons được chuẩn bị nhờ Swift amplicon 16S plus ITS panel kit. Áp dụng Illumina MiSeq platform để giải trình tự thự viện amplicon này thông qua 16S rRNA metagenomics. Phân loại cho thấy Gammaproteobacteria chiếm 38.77 % và Alphaproteobacteria chiếm 37.76 %; đó là những class chiếm ưu thế trong quần thể vi khuẩn nội sinh. Kết quả phân tích chức năng cho thấy chức năng sinh tổng hợp (72.78 %) là chức năng chủ lực của cộng đồng vi khuẩn nội sinh này. Trình tự bản thảo (Fastq files) được gửi vào Mendeley Data. Cơ sở dữ liệu này cung cấp cách nhìn nhận có chiều sâu về cộng đồng vi khuẩn nội sinh này trong cây điều ở tỉnh Dak Lak. Số liệu rất có giá trị nhằm phát triển sau này loại hình phân bón sinh học trong canh tác điều cho năng suất ổn định. Đây là báo cáo đầu tiên về cộng đồng vi khuẩn nội sinh trên cây điều được trồng tại tỉnh Dak Lak, Tây Nguyên Việt Nam.
Comments
Post a Comment