Phân tích transcriptome vào giai đoạn phát triển trái sầu riêng (Durio zibethinus Murr.); giống D24

Phân tích transcriptome vào giai đoạn phát triển trái sầu riêng (Durio zibethinus Murr.); giống D24

Nguồn: Nurul Arneida Husin, Sadequr Rahman, Rohini Karunakaran, Subhash Janardhan Bhore. 2023. Transcriptome analysis during fruit developmental stages in durian (Durio zibethinus Murr.) var. D24. Genet Mol Biol.; 2023 Jan 6; 45(4):e20210379. doi:10.1590/1678-4685-GMB-2021-0379. 

 

Sầu riêng (Durio zibethinus Murr.) rất nổi tiếng bởi hương thơm độc đáo của nó. Người ta tiến hành phân tích hệ thống transcriptome của trái sấu riêng để tìm kiếm những kiểu biểu hiện của các gen  và để hiểu được chúng điều tiết ra làm sao. Có ba giai đoạn phát triển trái sầu riêng được liệt kê như sau: giai đoạn đầu vào 90 ngày sau khi thụ phấn DAP (post-anthesis DPA), giai đoạn trưởng thành vào lúc 120 DPA, và giai đoạn chín trái vào lúc 127 DPA. Tiếp cận phương pháp Illumina HiSeq để áp dụng trong giải trình tự DNA. Cơ sở dữ liệu trình tự DNA được phân tích thông qua những công cụ “mapping aligners” khác nhau và những phương pháp thống kê thích ứng; đó là “CLC Genomic Workbench”, “HISAT2+DESeq2”, “Tophat+Cufflinks”, và “HISAT2+edgeR”. Kết quả cho thấy có 110 triệu “reads” rõ ràng được ghi nhận thành bản đồ di truyền trong hệ gen cây sầu riêng, đạt 19.976, 11.394, 17.833, và 24,351 số gen DEGs (differentially expressed genes) trong suốt thời gian 90-127 ngày sau khi thụ phấn. Nhiều gen DEGs được phân lập gắn liền với tiến trình trái sầu riêng chín. Kết quả phân tích dữ liệu cho thấy hầu hết các gen ấy có mức biểu hiện tăng khi trái chín bao gồm cơ chế biến dưỡng của những cofactors và vitamins, cơ chế biến dưỡng nucleotide và biến dưỡng carbohydrate. Những gen có mức độ biểu hiện đáng kể từ giai đoan trái non đến chín chủ yếu gắn kết với biến dưỡng carbohydrate, amino acid, và biến dưỡng những cofactor và vitamin. Cơ sở dữ liệu transcriptome này sẽ là nền tảng kiến thức để hiểu rõ các gen đích chuyên biệt trong giai đoạn phát triển trái sầu riêng phục vụ cho cải tiến giống sau này.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36622241/