Nguồn gốc tổ tiên hoang dã của cà phề trồng robusta
Nguồn gốc tổ tiên hoang dã của cà phề trồng robusta
Nguồn: Tram Vi, Yves Vigouroux, Philippe Cubry, Pierre Marraccini, Ha Viet Phan, Giang Ngan Khong, Valerie Poncet. 2023. Genome-Wide Admixture Mapping Identifies Wild Ancestry-of-Origin Segments in Cultivated Robusta Coffee. Genome Biol Evol.; 2023 May 5; 15(5):evad065. doi: 10.1093/gbe/evad065.
Con người đã đang có những ảnh hưởng nhất định đến sự phân bố giống cây trồng vượt ra ngoài phạm vi bản địa của họ, do đó, thu nhận được nhiều cơ hội tạp giao trong tự nhiên. Định tính được hệ gen có tính chất admixed genomes (trộn lẫn nhau) với nguồn gốc có tính chất “mosaic” phát sinh ra cái nhìn sâu sắc có giá trị đối với lịch sử thích nghi của cây trồng và tác động của sự đa dạng giống hiện nay. Người ta áp dụng “ sự can thiệp tại chổ của tổ tiên như một công cụ có thuật ngữ là “ELAI tool” trên cơ sở mô phỏng của Markok có tính chất “two-layer hidden” (ẩn hai lớp) để theo dấu vết các đoạn phân tử của tổ tiên hoang dại cho đến mẫu giống cây trồng bây giờ trong trường hợp “multiway admixtures” (trộn lẫn bời nhiều cách khác nhau). Quần thể nguồn (source) mà quần thể này hiện nay có thể bị hạn chế và quần thể bị trộn lẫn đều phải được phân lập khi sử dụng mô phỏng toán học có tính chất suy luận (inference models). Người ta phát hiện một hệ thống xác định được tổ tiên tại chổ (local ancestry) trong quần thể bị trộn lẫn (admixed source). Sử dụng cơ sở dữ liệu trình tự DNA của loài hoang dại và giống canh tác Coffea canephora (còn gọi là cà phê robusta), phương pháp của chúng tôi biểu hiện sự hiệu quả và chính xác đối với giống cây lai bị kích hoạt (simulated hybrids). Áp dụng phương pháp này đế đánh giá các giống cà phê robsuta cao sản của Việt Nam, dẫn đến kết quả xác định được mẫu giống cà phê dẫn xuất từ hồi giao giữa hai nhóm di truyền từ châu thổ sông Congo và vùng bờ biển phía tây của Trung Phi. Sự trộn lẫn (admixtures) có kết quả từ lai giống cà phê và phát tán giống có thể tạo ra thế hệ cây cà phê đạt năng suất cao. Phương pháp này có khả năng áp dụng rộng rải để có được nền tảng lý luận về lai giống khi lịch sử tiến hóa của thực vật và động vật đang diễn ra.
Comments
Post a Comment