Đặc điểm nhận dạng mô đặc hiệu trên cơ sở toàn bộ hệ gen bằng phân tử “non-coding RNAs” của cây hồ tiêu (Piper nigrum L.)
Đặc điểm nhận dạng mô đặc hiệu trên cơ sở toàn bộ hệ gen bằng phân tử “non-coding RNAs” của cây hồ tiêu (Piper nigrum L.)
Nguồn: Baibhav Kumar, Bibek Saha, Sarika Jaiswal, U B Angadi, Anil Rai, Mir Asif Iquebal. 2023. Genome-wide identification and characterization of tissue-specific non-coding RNAs in black pepper (Piper nigrum L.). Front Plant Sci.; 2023 Mar 16; 14:1079221. doi: 10.3389/fpls.2023.1079221.
Phân tử lncRNA (long non-coding RNAs) và phân tử circRNAs (circular RNAs) là hai lớp của ncRNA (non-coding RNAs) hiện diện chủ yếu trong tế bào thực vật và có nhiều chức năng điều tiết gen đích ở giai đoạn trước và sau phiên mãs. Trước đây được coi là rác (junck), những phân tử ncRNAs này chưa bao giờ được báo cáo có chức năng quan trọng trong điều tiết sự biểu hiện gen, nhất là khi cây bị stress. Hồ tiêu, tên khoa học là Piper nigrum L., mặc dù là cây có gia vị có giá trị kinh tế quan trọng nhất, nhưng rất thiếu nghiên cứu có liên quan đến phân tử ncRNAs. TỪ tập đoàn có 53 cơ sở dữ liệu RNA-Seq của cây hồ tiêu, lầy từ sáu mô, đó là, hoa, trái, lá, gié bông, rễ, và dây thân của sáu giống tiêu trồng, theo 8 dự án BioProjects của bốn nước, người ta xác định được tất cả 6406 lncRNAs. Kết quả phân tích downstream suy ra rằng phân tử lncRNAs đã điều tiết 781 gen của hồ tiêu / hoặc sản phẩm gen thống qua mạng lưới tương tác miRNA-lncRNA-mRNA, do đó, chúng hoạt động như những RNAs nội sinh có tính cạnh tranh (ceRNAs). Những tương tác này là những cơ chế rất khác nhau như sự làm câm gen bởi miRNA hoặc hoạt động của lncRNAs như đột biến bắt chước có tính nội sinh (eTMs: endogenous target mimics) của phân tử miRNAs. Có tất cả 35 lncRNAs được phân lập là những tiền chất (precursors) của 94 phân tử miRNAs sau khi bị tác động bởi men endonucleases như Drosha và Dicer. Người ta phân tích theo phương pháp “tissue-wise transcriptome” cho thấy có 4621 circRNAs. Hơn nữa, kết quả phân tích hệ thống miRNA-circRNA-mRNA cho thấy có 432 phân tử circRNAs kết hợp với 619 miRNAs, thực hiện cạnh tranh ở các vị trí kết gắn trên 744 phân tử mRNAs ở nhiều mô khác nhau của cây hồ tiêu. Kết quả có thể giúp nhà nghiên cứu có cái nhìn tốt hơn về điều tiết năng suất tiêu và phản ứng của cây với stress trong nỗ lực sản xuất nhiều hơn và cải tiến giống hồ tiêu tương lai.
Comments
Post a Comment